ศูนย์กลางการศึกษาวิปัสสนาธุระพุทธวิหาร ได้สถาปนาขึ้นบนเนื้อที่ธรณีสงฆ์ วัดหนองทองทราย เลขที่ 100/1 หมู่ 1 ตำบลดงละคร อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก ซึ่งเป็นผืนแผ่นดินที่แม่ชีชอุ่ม เฉลิมศักดิ์ และแม่ชีมาลี เฉลิมศักดิ์ สองพี่น้องถวายที่ให้แก่ พระราชพรหมาจารย์ (พระปลัดทอง สุมงฺคโล เจ้าอาวาสวัดร่ำเปิง ในขณะนั้น) เจ้าอาวาสวัดพระศรีจอมทอง เจ้าคณะอำเภอฮอด จังหวัดเชียงใหม่ (ในปัจจุบัน) ซึ่งเป็นอาจารย์ผู้สอนวิปัสสนากัมมัฏฐานให้แก่แม่ชีทั้งสอง ด้วยจุดประสงค์ต้องการให้เป็นสถานที่ศึกษาวิปัสสนากรรมฐาน เพื่อความสะดวกของคณะสงฆ์ในการปฏิบัติให้ถูกต้องตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ กฎมหาเถระสมาคม พระราชพรหมาจารย์ จึงได้ถวายเป็นธรณีสงฆ์วัดหนองทองทราย และพร้อมกับพระครูประสุตปัญญารัตน์ (หลวงพ่ออุปัชฌาย์ทวี) เจ้าอาวาสวัดหนองทองทราย เจ้าคณะตำบลดงละครดำเนินการขอจดทะเบียนเป็นทางการในนามที่พักสงฆ์ธรรมจักรไว้ โดยการปกครองคณะสงฆ์ขึ้นตรงต่อวัดหนองทองทราย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2527

ต่อมาในปี พ.ศ. 2536 พระราชพรหมาจารย์ได้เสนอพื้นที่นี้ให้ พระปลัดชัชวาล ชินสโภ วัดหงส์รัตนารามราชวรวิหาร เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพมหานคร ซึ่งเป็นศิษย์รุ่นสุดท้ายที่จบการศึกษาวิชากัมมัฏฐานาจริยะ จาก ดร. พระภัททันตะ อาสภมหาเถระ อัคคมหากัมมัฏฐานาจริยะ ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และเป็นผู้ที่ท่านอาจารย์ไว้วางใจบัญชาการให้เป็นผู้นำในการสร้างศูนย์กลางการศึกษาวิปัสสนาธุระ เพื่อป้องกัน รักษา และแก้ไขความผิดเพี้ยนในการเรียนการสอนวิปัสสนาธุระ โดยให้โอกาสขอศิษย์ของท่านเป็นผู้ช่วยได้ตามต้องการ ซึ่งพระมหาเหล็ก จนฺทสีโล อุบาสิกาแม่ชีวันดี ไล้บางยาง และอุบาสิกาแม่ชีสัมฤทธิ์ ตรีสันเทียะ ได้ถูกเลือกในครั้งนี้และมีเป้าหมายที่จะดำเนินการ และมีเป้าหมายที่จะดำเนินการที่จังหวัดนครนายกอยู่ก่อนแล้ว

พระปลัดชัชวาลและพระมหาเหล็ก จึงได้ลงพื้นที่สำรวจอย่างละเอียด และตัดสินใจดำเนินการสร้างสำนักวิปัสสนากัมมัฏฐาน ตั้งแต่เดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2536 เป็นต้นมา สมดังเจตนารมณ์ของผู้ถวายที่ดินโดยมีการดำเนินการหลักๆ คือ

ดำเนินการทำหลักสูตรการศึกษาวิปัสสนาธุระตามที่พระสัมมาสัมพุทธเจ้าทรงกำหนดไว้ ทั้งส่วนที่เป็น “อธิคม ปริยัติ และผลการศึกษาพัฒนา” ตลอดจนกำหนดเวลาที่ใช้เพื่อให้สอดคล้องกับค่านิยมทางการศึกษาในปัจจุบัน ให้ท่านพระอาจารย์ ดร. พระภัททันตะ อาสภมหาเถระฯ พิจารณาอนุมัติใช้เป็นหลักสูตรมาตรฐานการศึกษาของศูนย์ฯ เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2544 นับตั้งแต่เริ่มดำเนินการร่างหลักสูตร ค้นคว้าหาหลักฐานและทดลองหลักสูตรจนถึงอนุมัติให้ใช้ รวมเป็นเวลา 7 ปีเศษ

ดำเนินการด้านการเรียนการสอนวิปัสสนาธุระในระดับหวังผล

ดำเนินการด้านการศึกษาค้นคว้าพระไตรปิฎกอย่างจริงจัง

ดำเนินการด้านการเผยแผ่พระพุทธศาสนาอย่างถูกต้อง

ต่อมาเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2542 ศูนย์ฯ ได้รับเลือกให้เป็นศูนย์พัฒนาจิตเฉลิมพระเกียรติ กระทรวงศึกษาธิการ ประจำจังหวัดนครนายก และได้ทำการเปิดเป็นศูนย์กลางการศึกษาวิปัสสนาธุระพุทธวิหาร อย่างเป็นทางการในวันวิสาขบูชา พ.ศ. 2545 และถือเอาวันวิสาขบูชาของทุกปีเป็นวันสถาปนาศูนย์อย่างเป็นทางการ เพื่อการระลึกถึงและยึดมั่นในคำสอนขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า พร้อมที่จะร่วมมือร่วมใจเสียสละรักษาไว้ ให้เป็นประโยชน์คู่แผ่นดินเป็นพุทธบูชา

“เราสามารถดับทุกข์ของเราได้เอง โดยไม่ต้องรอพึ่งภูติ ผี ปีศาจ เจ้าพ่อ เจ้าแม่ พระเจ้า เทพเจ้า หรือ สิ่งศักดิ์สิทธิ์อื่นใดที่มีหลักประกันเพียงคำพูดลอยๆ ให้เสียเวลาชีวิตเราไปเปล่า เพียงแต่เราปฏิบัติศึกษาวิปัสสนาธุระให้ถูกต้องจริงจังเพียงพอ ด้วยการทำให้มรรคทั้ง 8 องค์เกิดได้ เราก็สามารถดับทุกข์ของเราได้ถูกต้องตรงวิธีด้วยตัวของเราเองแล้ว จะต้องไปคอยเป็นทาสเขารอง้อผู้อื่นอีกทำไม เป็นตัวของตัวเองซะ จะได้ตาแจ้งเห็นแสงธรรมที่ถูกต้อง เป็นอิสระแก่ตนเองเสียที”